Der Havelseenweg begleitet die Havel über 28 km vom Großen Wannsee im Süden bis zum Aalemannufer im Spandauer Norden. Zwei Landschaften werden dabei durchquert: im Süden die Teltower Hochfläche und im Norden die flache Ebene des Warschau-Berliner Urstromtals. Um die besonderen Aussichten von der Teltower Hangkante nicht zu verpassen, verläuft der Weg durch den Grunewald nicht immer am Havelufer, sondern auch weiter oben auf dem Havelhöhenweg. So ergeben sich immer wieder weite Ausblick über die Havel und das gegenüberliegende Gatower Ufer. Spätestens ab den sumpfigen Tiefwerder Wiesen nördlich des Stößensees müssen kaum noch Höhen überwunden werden. Bis hier verläuft der Weg überwiegend durch Wald.
Ab der Schulenburgbrücke in Spandau verläuft der Weg auf der Westseite der Havel, vorbei an der Spandauer Altstadt und der Schleuse Spandau. Vom Wröhmännerpark aus hat man einen schönen Blick auf die Zitadelle Spandau am östlichen Havelufer. Die weiter nördlich am Wasser liegenden Industrieflächen wurden in den letzten Jahren in Wohngebiete und Grünanlagen der Wasserstadt Spandau umgewandelt. In diesem Zuge wurden auch beidseitig neue
Uferwege angelegt, denen der Havelseenweg nun folgt, bis er am Aalemannufer im Spandauer Ortsteil Hakenfelde an der Fähranlegestelle endet.