Wenn im Zusammenhang mit Bauvorhaben Baufeldberäumungen, Umbaumaßnahmen, Fassadenarbeiten o.ä. stattfinden sollen, ist es wahrscheinlich, dass dadurch Fortpflanzungs- oder Ruhestätten von wild lebenden Tieren der besonders geschützten Arten beeinträchtigt werden.
Bei Vogelarten, die aufgrund ihrer Bindung an ihre angestammten Nistplätze diese über Jahre hinweg wiederkehrend nutzen (z.B. an Gebäuden brütende Arten wie Schwalben, Haussperlinge Mauersegler, Turmfalken, Hausrotschwänze), sind die Fortpflanzungsstätten (Nistplätze) auch dann geschützt, wenn sich die Tiere vorübergehend oder jahreszeitlich bedingt gerade nicht darin aufhalten, z.B. weil sie ihr Brutgeschäft noch nicht begonnen, dieses unterbrochen oder bereits abgeschlossen haben. Das gilt auch für die Quartiere gebäudenutzender Fledermäuse, da auch diese Tiere auf ihre angestammten Bereiche angewiesen sind.
Baumhöhlen gehören ebenfalls zu solchen wiederkehrend genutzten, notwendigen Strukturen im Naturhaushalt, auf die bestimmte Vogel- oder auch Fledermausarten für ihr Überleben zwingend angewiesen sind.
Die Fortpflanzungs- bzw. Ruhestätten dieser Arten sind daher ganzjährig geschützt und dürfen nicht ohne die notwendige behördliche Erlaubnis (Ausnahme nach § 45 Abs. 7 BNatSchG oder Befreiung nach § 67 Abs. 2 BNatSchG) beschädigt bzw. beseitigt werden. Eine Beseitigung in diesem Sinne liegt auch vor, wenn den Tieren z.B. durch Verhängen mit Bauplanen der Zugang zu ihren Nistplätzen bzw. Quartieren unmöglich gemacht wird. Die Strukturen sind dann zwar tatsächlich noch vorhanden, können aber ihre Funktion im Naturhaushalt nicht erfüllen, sind “aus Sicht der Tiere” also nicht mehr vorhanden.
Selbstverständlich dürfen auch die Tiere selbst nicht gefangen, verletzt oder getötet werden. So muss z.B. ein eventuell gerade ablaufendes Brutgeschehen bis zum Ausflug der Jungvögel abgewartet werden, bis der Nistplatz beseitigt werden kann. Auch dürfen die Elternvögel während eines Aufzuchtgeschehens nicht durch Baumaßnahmen im Nestumfeld stark gestört werden. Sie würden sonst das Nest verlassen, das Gelege würde absterben oder die Jungvögel würden verhungern. Das Verbot erheblicher Störungen (§ 44 Abs. 1 Nr. 2 BNatSchG), welches u.a. während der Fortpflanzungs-, Aufzuchts- und Überwinterungszeit zu beachten ist, gilt für alle europäischen Vogelarten sowie für alle streng geschützten Arten, zu denen auch alle Fledermäuse gehören.
Sofern in einem Einzelfall nachweislich besondere Gründe vorliegen, die eventuell höher zu bewerten sind als der Artenschutz, muss zunächst geprüft werden, ob vorab durch verbotsvermeidende Maßnahmen (Vermeidung, Minimierung, CEF-Maßnahmen) das Eintreten der Verbotstatbestände vermieden werden kann. Erst wenn diese Mittel nachweislich ausgeschöpft bzw. zusammen mit der zuständigen unteren Behörde für Naturschutz und Landschaftspflege abgearbeitet wurden, und sofern – nach einer adäquaten Kartierung – ein tragfähiges Ersatzkonzept erarbeitet wurde, kann für einen Antrag auf Ausnahme gemäß § 45 Abs. 5 BNatSchG oder einen Antrag auf Befreiung gemäß § 67 BNatSchG Aussicht auf Erfolg bestehen.
Handelt es sich bei einer Baumaßnahme ausschließlich um eine Gebäudesanierung, kommt in Berlin bei Arten mit einem günstigen Erhaltungszustand die Verordnung über Ausnahmen von Schutzvorschriften für besonders geschützte Tier- und Pflanzenarten zur Anwendung.