Zum Schutz der Trinkwassergewinnung im Bereich des Wasserwerkes Johannisthal waren erhebliche Sanierungs- und Sicherungsmaßnahmen erforderlich bzw. sind in Form einer hydraulischen Abstromsicherung weiterhin notwendig. Um sowohl den Zufluss von Spreewasser in die kontaminierten Bodenschichten zu vermindern als auch den Transfer von Schadstoffen in die Spree zu unterbinden, erfolgte 1995 bis 1996 die Errichtung einer bis in eine Tiefe von 31,8 m reichenden einwandigen Schlitzwand entlang der Spree und des Britzer Zweigkanals auf einer Länge von ca. 1.000 m. Außerdem wurde im Jahr 1995 partiell stark kontaminierter Boden im Rahmen eines Neubaus einer Lagerhalle ausgehoben. Ab 1998 fand auf den nicht mehr mit nutzbaren Gebäuden belegten Flächen eine Tiefenenttrümmerung statt. Zur
Verhinderung weiterer Schadstoffverlagerungen in das Grundwasser wurde die Regenwasserkanalisation erneuert, die Freiflächen wurden mittels Kunststoffdichtungsbahnen abgedeckt und anschließend begrünt. Die Verkehrsflächen erhielten eine neue Oberflächenabdichtung aus Asphalt. Die Versiegelungsmaßnahmen konnten 2004 mit der Revitalisierung der “Alten Grünfläche” abgeschlossen werden. Die Abstromsicherung wird seit 1996 durch den Betrieb einer Grundwasserreinigungsanlage mit derzeit 19 Sicherungsbrunnen gewährleistet. Der obere, ca. 15 m mächtige 1. Grundwasserleiter wird allein mit 15 Brunnen gesichert. 2012 wurde die Anzahl der Sicherungsbrunnen im 2. Grundwasserleiter auf vier verdoppelt, um ein weiteres Abdriften von arsenbelastetem Grundwasser zu vermeiden. Die Grundwasserreinigungsanlage wurde letztmalig 2012 an neuem Standort, am Fuße der ehem. Betriebsdeponie, errichtet und reinigt nun ca. 80 m³/h. In diesem Zusammenhang wurden 2011 die Zuleitungen
zur Reinigungsanlage erneuert. Die Betriebsdeponie wurde schon 1997 mittels Kunststoffdichtungsbahnen abgedichtet und begrünt. Nach der Errichtung der Minna-Todenhagen-Brücke“ über die Spree im Jahr 2017, erfolgt 2018 bis 2020 die abschließende Oberflächenversiegelung auf den angrenzenden Grundstücken mit gleicher historisch bedingter Bodenbelastung.