Etwa drei Viertel der kanalisierten Gebiete in Berlin werden über das Trennsystem und ein Viertel über das Mischsystem entwässert.
Im Trennsystem werden Schmutzwasser und Regenwasser in zwei voneinander getrennten Kanalisationsnetzen abgeleitet. In den Schmutzwasserkanälen gelangt das häusliche, gewerbliche und industrielle Abwasser zu den Pumpwerken. Von hier wird es über Druckrohrleitungen zu den Klärwerken geleitet. Die Regenwasserkanäle nehmen das Regenwasser von versiegelten Flächen auf und leiten dieses meist direkt in die Gewässer. Insgesamt werden durch das Trennentwässerungssystem rund 48 Mio. m³ Regenwasser pro Jahr in die Gewässer eingeleitet. Neben der hohen hydraulischen Beanspruchung der Gewässer bei Starkregen führen stoffliche Belastungen im Regenwasser zu signifikanten Schäden. Das von versiegelten Flächen abfließende Regenwasser ist durch Staub, Luftschadstoffe, Abrieb von Straßen sowie von Autoreifen und Bremsbelägen, Ölverluste, Laub, Exkremente von Tieren, Streugut im Winter sowie Bioziden zum Teil stark verunreinigt (siehe auch OgRe – Relevanz organischer Spurenstoffe im Regenwasserabfluss Berlins).
