Dennoch haben viele Tier- und Pflanzenarten mit den Belastungen der städtischen Entwicklungen zu kämpfen und sind stärker gefährdet. So gibt es an einigen Standorten etwa ein Drittel weniger Fledermäuse als noch vor 15 Jahren, so etwa beim Großen Abendsegler. Außerdem befinden sich mehr als die Hälfte der Vogelarten, die in Berlin brüten, in einem ungünstigen Zustand. Der wachsende Bedarf an Wohnraum und Infrastruktur führt zu einem erheblichen Verlust freier Flächen in Berlin. Unter der Vielzahl an Versiegelungen, Sanierungen, Bebauungen sowie an zunehmender Beleuchtung leiden vor allem Insekten, Vögel und Fledermäuse, die ihre Lebens- und Nisträume verlieren. Der Klimawandel, der sich in Europa besonders schnell vollzieht, führt zu extremen Wetterereignissen wie Stürmen, Dürre und Hitzeperioden, die für viele Arten eine große Herausforderung darstellen. Starke Trockenheit bedroht vor allem Reptilien und Amphibien wie die Erdkröte, die in Feuchtgebieten leben.
Doch auch Kleinsäuger wie Igel und Feldmäuse sind gefährdet, da sie immer weniger Orte zum Verstecken finden und die Trockenperioden ihre Nahrungsquellen verringern.