Einzelne Bäume und Findlinge, die als Naturdenkmale geschützt werden, erfüllen ein oder mehrere Kriterien für die Schutzwürdigkeit.
Von Bedeutung für die Wissenschaft ist ein Baum beispielsweise, wenn er besondere Eigenschaften aufweist oder in außergewöhnlicher Form wächst. Auch Bäume, die sich durch ihre besondere Anpassungsfähigkeit an klimatische Veränderungen auszeichnen, sind für die Wissenschaft von Bedeutung.
Ein Zeugnis der Naturgeschichte sind unter anderem Bäume, die ein bedeutsamer Restbestand der ursprünglichen Naturlandschaft sind, oder Findlinge, die während der Eiszeit nach Berlin verdriftet wurden.
Von Bedeutung für die Landeskunde sind Bäume und Findlinge, wenn sie beispielsweise in Zusammenhang mit einem bestimmten historischen Ereignis stehen, besonders bekannt sind, z. B. wiederholt in Kunstwerken dargestellt wurden, oder weil dort regelmäßige Veranstaltungen abgehalten wurden.
Gegenüber anderen Bäumen und Gesteinsbrocken können sich naturdenkmalwürdige Bäume und Findlinge auch durch ihre Seltenheit, Eigenart oder Schönheit auszeichnen.
Als Naturdenkmal ausgewiesene Bäume werden über den Schutz der im Land Berlin geltenden sogenannten Baumschutzverordnung hinaus geschützt.
Die Naturdenkmalverordnung von 1993, zuletzt im Jahr 2001 geändert, wurde 2020 / 2021 umfassend überarbeitet. Notwendig war dies aufgrund zwischenzeitlicher natürlicher Prozesse und Eingriffe in den Bestand der Naturdenkmale. Zum Beispiel mussten einige Bäume gefällt werden, weil sie aufgrund eines Sturmschadens nicht mehr verkehrssicher waren. Andere wiesen inzwischen nicht mehr die Qualität eines Naturdenkmals auf. Mit der Neufassung der Verordnung vom 20. Mai 2021 sind auch die Kriterien für die Bewertung der Schutzwürdigkeit eines Baumes bzw. Findlings angepasst worden. Neben der Aktualisierung der Listen der geschützten Bäume und Findlinge wurden die Schutzvorschriften selbst (zum Beispiel der definierte Schutzbereich und die Ge- und Verbote) überarbeitet. Die neue Naturdenkmalverordnung ist das Ergebnis eines breiten Verfahrens, in das unter anderem die bezirklichen unteren Naturschutzbehörden, Naturschutzverbände und Bürgerinnen und Bürger eingebunden waren.
Es stehen nun 708 Naturdenkmale unter besonderem Schutz, davon 638 Bäume und 70 Findlinge.