Entsprechend der Bestandsaufnahme sind vor allem strukturelle Defizite der Gewässer sowie die Einflüsse der Stadtentwässerung verantwortlich für den schlechten Zustand der Berliner Oberflächengewässer. Deshalb bilden die geplanten Maßnahmen zur Strukturverbesserung, neben der Sanierung des Mischsystems und der Herstellung der Durchgängigkeit, einen wichtigen Baustein. Zur Ableitung der Maßnahmen wurde jeweils für ein konkretes Gewässer ein sogenanntes Gewässerentwicklungskonzepte (GEK) erarbeitet.
Lokal werden Probleme und Konfliktfelder ermittelt, Entwicklungsziele definiert, potenzielle Maßnahmen abgeleitet und mit einer Kostenschätzung und Zeitplanung unterlegt. Diese Konzepte bilden die Grundlage für die folgende Bauplanung.