Geregelt wird die FFH-Verträglichkeitsprüfung im § 34 des Bundesnaturschutzgesetzes. Sie soll sicherstellen, dass die für dieses Gebiet festgelegten Erhaltungsziele berücksichtigt werden.
Zunächst wird auf Grundlage vorhandener Unterlagen in einer Prüfung nach § 35 Absatz 1 Satz 2 NatSchG Bln geklärt, ob erhebliche Beeinträchtigungen der Schutzgüter in einem Natura 2000-Gebiet zu erwarten sind. Kann dies ausgeschlossen werden, ist eine weiterführende FFH-Verträglichkeitsprüfung nicht erforderlich. Die Entscheidung muss nachvollziehbar dokumentiert werden. Erforderlich wird die Durchführung einer FFH-Verträglichkeitsprüfung, wenn ein NATURA 2000-Gebiet durch ein Projekt einzeln oder im Zusammenwirken mit anderen Plänen oder Projekten erheblich beeinträchtigt werden kann. Wenn das Vorhaben zu erheblichen Beeinträchtigungen eines europäischen Schutzgebietes führen kann, ist es unzulässig. Die Beurteilung der Erheblichkeit erfolgt immer einzelfallbezogen, unter Berücksichtigung verschiedener Kriterien, u.a. Dauer, Intensität, Umfang der Beeinträchtigung. Ausnahmen sind nur möglich,
- wenn es zwingende Gründe des überwiegend öffentlichen Interesses, einschließlich sozialer oder wirtschaftlicher Art, erfordern und
- wenn es keine zumutbaren Alternativen gibt, die den verfolgten Zweck des Projektes an anderer Stelle oder mit einer anderen Ausführungsart – ohne oder mit geringerem Schaden – erfüllen.
Werden prioritäre Lebensräume oder Arten maßgeblich beeinträchtigt, kann ein Projekt nur bei zwingenden Gründen des öffentlichen Interesses zugelassen werden. Dabei sind nur solche Gründe gemeint, die sich positiv auf die Gesundheit des Menschen, auf die öffentliche Sicherheit bzw. auf die Umwelt auswirken. Andere zwingende Gründe des Gemeinwohls bedürfen einer Stellungnahme der Kommission der Europäischen Union, die über das Bundesministerium für Umwelt, Naturschutz und Reaktorsicherheit eingeholt wird.
Wenn ein Vorhaben trotz Beeinträchtigung eines Natura 2000-Gebietes zugelassen wird, ist der Projektträger zur Durchführung geeigneter Maßnahmen, sog. Kohärenzmaßnahmen, verpflichtet. Ziel ist, die ökologische Funktionsfähigkeit des Europäischen Netzes NATURA 2000 aufrechtzuerhalten. Die Maßnahmen sind vor der Zulassung des Vorhabens verbindlich festzusetzen und noch vor Eintritt der Schädigung umzusetzen.