Die städtischen Lebensräume werden zunehmend im Sinne einer möglichst hohen biologischen Vielfalt geschützt und gepflegt. Die Schutzgebiete können mitten in der Stadt sein, wie die eiszeitliche Binnendüne mitten in Wedding. Aber auch außerhalb der Schutzgebiete werden Wald- und Ackerlandschaften möglichst im Einklang mit naturschutzfachlichen Anforderungen bewirtschaftet. Die Berliner Forsten arbeiten schon lange mit dem FSC-Siegel für nachhaltige und verantwortliche Waldwirtschaft und fördern natürliche Prozesse bei der Waldentwicklung. Mit dem Mischwaldprogramm wird der Wald außerdem an die veränderten Bedingungen im Klimawandel angepasst. Mit vielen Landwirten ist die Pflege blühender Feldraine und anderer Kulturlandschaftselemente in den Pachtverträgen vereinbart. Es gibt zahlreiche Beweidungsprojekte, die nicht nur die Arten- und Strukturvielfalt, sondern auch die genetische Vielfalt alter Nutztierrassen
fördern. Wasserbüffel grasen mittlerweile im Tegeler Fließ, den Tiefwerder Wiesen und dem Erpetal; Hochlandrinder und Konikpferde in der Rieselfeldlandschaft Hobrechtsfelde und Schafe im Landschaftspark Johannisthal, um nur einige Projekte zu nennen. Das Berliner Ökokonto sorgt dafür, dass Eingriffe in Natur und Landschaft, die durch Bauprojekte der wachsenden Stadt entstehen, gezielt ausgeglichen werden. Die Kapazitäten werden gebündelt und auf Flächen mit besonders hohem Aufwertungspotenzial gerichtet, wie z. B. die Malchower Aue.
Mit der Klimaschutzabgabe Moor werden Moorprojekte finanziert. Die Finanzierung erfolgt durch die Senatsverwaltung. Berechnungsgrundlage ist der Umfang dienstlicher Flugreisen des Berliner Senats, für die dann Abgaben gezahlt werden. Zuletzt wurde mit diesen Mitteln der Wasserhaushalt der Moore Krumme Laake und Kleine Pelzlaake in Treptow-Köpenick verbessert, sodass diese nicht nur mehr Kohlenstoff speichern, sondern auch eine größere Artenvielfalt beherbergen können. Mit dem Programm Blaue Perlen für Berlin sollen Kleingewässer, wie der Lankegrabenteich in Steglitz, als artenreiche Biotope gestärkt werden. Zudem richten die Bezirke die Pflege öffentlicher Grünflächen zunehmend auch nach der Prämisse einer hohen biologischen Vielfalt aus, wie z. B. im Grünzug Gartenstraße in Pankow oder im Spektegrünzug in Spandau. Wie das geht, steht unter anderem in dem vom Senat entwickelten Handbuch Gute
Pflege.