Als größte deutsche Stadt nimmt Berlin unter den deutschen Ballungsräumen und europäischen Metropolen in vielerlei Hinsicht eine Sonderstellung ein. So ist sie die einzige Großstadt, die als Stadtstaat innerhalb ihrer Grenzen gleichzeitig die Trinkwasserversorgung und Abwasserbeseitigung bewältigt. Das heißt, dass die Qualität der Berliner Gewässer maßgeblich von der Abwasserentsorgung mit ihren Stofffrachten beeinflusst wird. Die Belastungen des äußerst sensiblen Gewässersystems stehen dementsprechend in engem Zusammenhang mit der Einwohnerzahl. Zudem sorgt der hohe Anteil versiegelter Flächen im urbanen Raum für entsprechend hohen Regenabfluss, der ebenso wie die Abwasserableitung die Gewässer erheblich mit Stofffrachten belastet.
Andererseits gewinnt Berlin sein Trinkwasser zu hohen Anteilen aus Uferfiltrat und ist somit von einer guten Qualität der Oberflächengewässer abhängig.
Doch nicht nur die Trinkwasserversorgung und Abwasserentsorgung fordern die Berliner Gewässer – im hochurbanen Raum existieren vielfältigste Nutzungsansprüche eng nebeneinander; so z.B. Schifffahrt, Fischerei, Erholungsnutzung, Badespaß, Grundwasserförderung und Abwassereinleitung. Diese vielfältigen Belange sind mit ihren unterschiedlichen Anforderungen sensibel zu vereinbaren.