Zur Überwachung der Berliner Oberflächengewässer wird ein Gütemessnetz betrieben, dass sich vorrangig darauf konzentriert, die Auswirkungen der zahlreichen punktuellen und diffusen Gewässerbelastungen im Fließverlauf zu erfassen. Das Messnetz umfasst insgesamt 63 Messstellen, davon 39 in Dahme, Spree, Havel und Kanälen sowie 24 in den kleineren Fließgewässern und Landseen.
Es werden physikalisch-chemische, bakteriologische und biologische Parameter in der Regel aus monatlichen Stichprobenuntersuchungen erfasst. Zur kontinuierlichen Überwachung der Sauerstoffverhältnisse, der Wassertemperatur, des pH-Wertes und der Leitfähigkeit werden zusätzlich neun Wassergütemessstationen an den Hauptfließgewässern betrieben.
Pro Jahr werden in der Regel an den Stichprobenmessstellen durchschnittlich 11 bis 17 Messungen an den Messpunkten durchgeführt. Im Regelfall wird für die Bewertung das 90-Perzentil (Mindestprobenumfang n=11) zur Ermittlung der Güteklassen herangezogen; bei der Temperatur sind es die Maximalwerte und beim Sauerstoff die Minimalwerte.
An den kontinuierlich arbeitenden Messstationen werden Fünfzehnminutenwerte erfasst und zu statistischen Kennwerten zusammengefasst. Für die Bewertung der Temperatur wird das 95-Perzentil und für den Sauerstoffgehalt des 10-Perzentil der Tageswerte zugrunde gelegt. Diese Werte haben naturgemäß im Gegensatz zu den Stichprobenuntersuchungen eine höhere Aussagekraft.