Von den beprobten Seen wurden 30 dieser Gruppe zugeordnet. Ihre Größen reichen von 1,2 (Möwensee) bis 70 ha (Groß-Glienicker See). In ihnen wurden insgesamt 30 Fischarten nachgewiesen, wobei die Anzahl der Arten im einzelnen zwischen 1 (Schwarzwassersee) und 23 (Heiligensee) variiert. Bis auf Quappe und Steinbeißer waren darunter auch alle in Berlin gefährdeten Arten vertreten, wobei das Auftreten von Hasel und Döbel – als rheophile Arten – im Heiligensee als untypisch bezeichnet werden muß.
Der verlandete flache, polytrophe Bogensee im Bucher Forst besitzt einen ausgedehnten Röhrichtgürtel. Die bis Mitte der 80er Jahre erfolgte Rieselfeldnutzung der Umgebung des Sees führte zu starken Nährstoffeinträgen, in deren Folge er verschlammte. Im Sommer erreicht der Sauerstoffgehalt des Wassers oft für Fische kritische Werte, so daß, wie im Sommer 1992, Fischsterben auftreten. Am Südufer des Sees besteht eine Rohrverbindung zu den Bucher Teichen. Der See wirkt sehr naturbelassen. Er ist zur Ausweisung als Naturschutzgebiet einstweilig sichergestellt. Vier Fischarten wurden nachgewiesen, von denen eine (Dreistachliger Stichling) in Berlin gefährdet ist.
Grunewald-, Hundekehle-, Nikolas- und Schlachtensee sowie die Krumme Lanke gehören zur Großen Grunewaldseenkette. Sie liegen in einer durch nacheiszeitliches Schmelzwasser entstandenen Nebenrinne der Havelseen. Die Ufer der langgestreckten Gewässer sind fast auf ihrer gesamten Länge mit Bäumen bewachsen. Mit Ausnahme des Nikolassees, der über ausgedehnte verkrautete Flachwasserbereiche und Röhrichtbestände verfügt, besitzen die Gewässer nur an wenigen Stellen spärliches Röhricht. Demzufolge finden Fischarten, die zu den sog. Krautlaichern gehören hier nur unzureichende Fortpflanzungsbedingungen. Abhilfe könnten möglicherweise Röhrichtanpflanzungen schaffen, wie sie z.B. seit 1991 an Uferabschnitten des Schlachtensees erfolgen. Weitere Schutz- und Erhaltungsmaßnahmen sind neben Entschlammungen (Hundekehle- und Grunewaldsee) u. a. die Einspeisung von entphosphatetem Wasser, um die Nährstoffzufuhr zu senken und den Wasserstand zu halten.
Insgesamt wurden 19 Fischarten in diesen Seen nachgewiesen. Davon gehören sieben zu den in Berlin gefährdeten. In den einzelnen Gewässern liegt die Artenzahl zwischen 11 und 14. Bitterlinge wurden nur im Nikolassee gefangen, der Rapfen lediglich in der Krummen Lanke. Der Rapfen ist für Stillgewässer nicht typisch und gelangte mit hoher Wahrscheinlichkeit bei Besatzmaßnahmen in den See. Seine erfolgreiche Ansiedlung erscheint zumindest fraglich. Bestandserhaltende Besatzmaßnahmen, besonders der als Angelobjekte interessanten Fischarten (z. B. Aal, Hecht, Schleie, Zander und Wels), werden regelmäßig vorgenommen.
Mit einer Fläche von 70 ha ist der Groß-Glienicker See der größte Berliner Landsee. Er ist ein geschichteter, eu- bis hypertropher See, der temporär über seinen Abfluß mit dem Sacrower See in Verbindung steht. Theoretisch eröffnen sich hier zumindest zeitweilig Möglichkeiten für Fischwanderungen. Submers (untergetaucht) wachsende Makrophyten fehlen. Das Tiefenwasser des Sees ist im Sommer frei von Sauerstoff, es bildet sich fischtoxischer Schwefelwasserstoff. Damit kann der Gewässerboden (Profundal) von den Fischen nicht mehr als Nahrungsgebiet genutzt werden.
Der Berliner Teil des Sees wird vom Eigentümer fischereilich bewirtschaftet. Der Fischbesatz erfolgt vorwiegend mit Hechten, Schleien, Karpfen und Aalen.
Insgesamt wurden bei Befischungen zehn Fischarten nachgewiesen, von denen drei gefährdet sind. Noch im Jahre 1948 festgestellte Arten wie Ukelei, Steinbeißer und Wels konnten nicht mehr gefunden werden. Die beiden erstgenannten Fischarten sind im Sacrower See heimisch, so daß ihr Auftreten zumindest zeitweilig auch im Groß-Glienicker See möglich wäre. Fernerhin bleibt abzuwarten, wie das Gewässerökosystem auf die im Dezember 1992 begonnene chemische Phosphatfällung reagiert. Die erwartete Zunahme der Sichttiefe könnte die Ansiedlung von Unterwasserpflanzen fördern und damit zu einer Erhöhung der Strukturvielfalt des Sees führen.
Der Heiligensee steht über einen Durchlaß mit der Oberhavel in Verbindung. Mit dieser ist der Wasseraustausch allerdings so gering, daß er nicht zu den Flußseen gezählt werden kann. Das nördliche Ufer des Sees ist naturnah mit Röhricht bewachsen und als Laichschongebiet ausgewiesen. Die übrigen Uferabschnitte sind grasbewachsen bzw. durch Steganlagen verbaut. Der Heiligensee wird als Angelgewässer genutzt.
Durch die Verbindung zur Oberhavel gehört der See zu den fischartenreichsten Gewässern Berlins. Insgesamt 23 Spezies wurden hier nachgewiesen, u. a. Hasel und Döbel. Von diesen gehören zehn zu den in Berlin gefährdeten Arten. Anzumerken ist, daß Hasel und Döbel zur Fischfauna der Oberhavel gehören. Als reine Flußfische ist ihr Auftreten im See nicht typisch und beschränkt sich auf den Bereich des Durchlasses. Analog ist zu erwarten, daß zumindest zeitweise auch Aland und Quappe einwandern. Diese Vermutung konnte noch nicht durch Fänge belegt werden.
Im Norden Berlins liegt der langgestreckte Hermsdorfer See. Er wird vom Tegeler Fließ durchströmt. Dieser Durchfluß ist allerdings zu gering, um ihn als Flußsee zu bezeichnen. Seine Ufervegetation ist abwechslungsreich strukturiert; neben röhrichtbewachsenen Bereichen sind weitere mit Büschen und Bäumen bestanden. Im Wasser finden sich flache, krautige Bereiche, die den Fischen und ihrer Brut als Laichplätze und Unterstände dienen können. Der Gewässergrund ist schlammig.
Im See wurden 14 Fischarten nachgewiesen, vier von ihnen sind gefährdet. Das Vorkommen weiterer Kleinfischarten, speziell der gefährdeten, erscheint sehr wahrscheinlich.
Zur Kleinen Grunewaldseenkette gehören Hertha-, Halen-, Diana-, Hubertus- und Koenigssee. Wie die Seen der Großen Grunewaldseenkette liegen sie in einer durch nacheiszeitliches Schmelzwasser entstandenen Nebenrinne der Havelseen. Ihre Ufer sind mit Büschen und Bäumen bestanden und z. T. mit hölzernen Faschinen befestigt. In allen Bereichen finden sich auch flache, verkrautete Gewässerabschnitte und Röhrichtbestände. Die Ufer sind nur an wenigen Stellen öffentlich zugänglich, da sie fast völlig von Privatgrundstücken eingenommen werden. Wie die meisten Berliner Seen sind auch sie Angelgewässer und werden als solche regelmäßig mit Fischen besetzt. Die Zahl der nachgewiesenen Fischarten variiert zwischen 13 (Herthasee) und 15 (Koenigssee u. a.), wobei diese Differenzen nicht überzubewerten sind, da die Seen untereinander Verbindung haben. Sechs der Arten sind in Berlin gefährdet, von ihnen ist das Moderlieschen in diesen Seen besonders häufig.
Der eutrophe Köppchensee liegt an der nördlichen Peripherie Berlins, in Blankenfelde. Er erscheint naturbelassen. Trotzdem ist mit Schadstoffbelastungen aus der bis 1967 betriebenen Mülldeponie (Sickerwasser) sowie dem massiven Herbizid-Einsatz an der ehemaligen innerdeutschen Grenze zu rechnen. Aus nicht näher bekannten Ursachen kam es im April/Mai 1991 zu einem Fischsterben. Im See konnten 12 Fischarten, davon eine in Berlin stark gefährdete (Steinbeißer) nachgewiesen werden.
Inmitten einer Charlottenburger Parkanlage liegt der Lietzensee. Das Gewässer besteht aus zwei miteinander verbundenen Becken. Die Ufer des nördlichen Beckens sind künstlich befestigt bzw. durch Häuser verbaut, die Ufer des südlichen mit spärlichen Schilfbeständen oder Bäumen bewachsen. 13 Fischarten, unter ihnen vier gefährdete, wurden im See nachgewiesen. Sie gelangten fast ausschließlich über Besatz in das Gewässer.
Der hypertrophe Malchower See liegt im Nordosten Berlins. Er wird durch Angler bewirtschaftet. Seine maximale Tiefe beträgt 1,5 m, die Sichttiefe nur wenige Zentimeter. Das Seeufer ist z. T. mit dichten Weidengebüschen (Ostufer) und Bäumen (Nord- und Nordwestufer) gesäumt. Höhere Wasserpflanzen fehlen infolge des Nährstoffeintrages aus der Umgebung weitgehend; der Westteil des Sees ist besonders stark verschlammt. Hier reichen mächtige Schlammablagerungen bis dicht (10 – 20 cm) unter die Wasseroberfläche. Sauerstoffzehrung und die Bildung von Schwefelwasserstoff im Sediment führten zwischen 1974 und 1988 wiederholt zu Fischsterben.
Insgesamt wurden 14 Fischarten nachgewiesen, von denen fünf in Berlin gefährdet sind. Alarmierend ist der zu beobachtende Rückgang des Gründlings in diesem See. Als Ursache müssen fehlende Laichsubstrate angenommen werden. Eine erfolgreiche Reproduktion konnte lediglich bei Barschen und Moderlieschen nachgewiesen werden.
Das im Wedding gelegene Lange Fenn, in welchem auch der Möwensee liegt, ist eine Erlenbruchlandschaft, weshalb auch die Gewässerufer baumbestanden sind. Durch den alljährlichen Laubeintrag bildete sich am Grund eine dicke Schlammschicht. Die beim Abbau der organischen Substanz ablaufenden Zehrungsvorgänge führen im Sommer oft zu Sauerstoffmangel und Fischsterben. Derartige Extremsituationen werden nur von Fischarten verkraftet, die auch mit wenig Sauerstoff auskommen; daher wird dieser See fast ausschließlich von Karauschen besiedelt. Es ließ sich nicht feststellen, inwieweit die beiden ebenfalls nachgewiesenen Arten, Zwergwels und Dreistachliger Stichling, schon längere Zeit im Gewässer leben und Populationen bilden.
Der hypertrophe Obersee in Hohenschönhausen ist ein Parkgewässer. Der bis auf seine Insel strukturarme See wird durch monotone Betonufer gesäumt, die den Fischen weder Unterstände noch Laichhabitate bieten. Eine zusätzliche Belastung stellt die Kanalisation dar, deren Mischwasserüberlauf bei starken Regenfällen in den See entwässert.
Früher stark verkrautet, ist der See heute infolge der Uferbefestigung mit Betonfertigteilen und einem 1986 erfolgten Graskarpfenbesatz makrophytenfrei. Trotzdem konnten von 1978 bis heute insgesamt 14 Fischarten nachgewiesen werden, darunter auch vier gefährdete. Mehr als die Hälfte von ihnen ist auf Besatz durch Angler zurückzuführen. So wurden neben den Grasfischen regelmäßig Karpfen eingesetzt, weiterhin Zander, Plötzen, Bleie, Schleien und früher häufig Aale.
Mehrere Fischsterben, schlechte Reproduktionsbedingungen und einseitiger Karpfenbesatz führten dazu, daß heute nur noch Karauschen, Giebel, Schleien und Karpfen häufig sind. Der Rückgang des Gründlings ist alarmierend, Hechte und Bleie sind selten. Die beiden letztgenannten Arten und der Zander pflanzen sich in diesem See mangels Laichrefugien nicht natürlich fort.
Der eutrophe Orankesee ist ebenfalls ein Hohenschönhauser Parkgewässer, das fischereilich bewirtschaftet wird. Die Seeufer sind mit Stahlspundwänden und Betonwabenplatten befestigt. Sie haben daher nicht mehr ihre ursprüngliche, reichgegliederte Struktur. Im See finden sich noch ausgedehnte Wasserknöterich-Bestände, die den Fischen Laichplätze und Unterstände bieten. Ein weiterer fischereibiologisch wertvoller Bereich ist der Badestrand am Nordufer des Sees, dessen sandiges Sediment ebenfalls als Laichrefugium dient. Der See wird über einen Tiefbrunnen gespeist, ist deutlich weniger verschlammt als der benachbarte Obersee und hat trotz starker Frequentierung durch Badende auch eine bessere Wasserqualität als dieser.
Von 1978 bis heute konnten 15 Fischarten nachgewiesen werden, unter ihnen Bitterling, Gründling und Moderlieschen. Der Bitterling ist in Berlin vom Aussterben bedroht, insgesamt müssen sechs der nachgewiesenen autochthonen Fischarten als gefährdet betrachtet werden.
Der Plötzensee in Wedding wird als Freibad genutzt. Seine Ufer sind überwiegend mit Bäumen bestanden. Submers wachsende Makrophyten fehlen weitgehend. Zehn autochthone Fischarten, von denen drei in Berlin gefährdet sind, konnten im See nachgewiesen werden. Der Fang eines einzelnen Rapfen deutet nicht darauf hin, daß diese Fischart hier eine Population bildet. Vielmehr muß sein Auftreten in einem geschlossenen Stillgewässer als untypisch angesehen werden und ist mit hoher Wahrscheinlichkeit auf Besatz zurückzuführen.
Der Plötzensee ist eines der wenigen Gewässer in Berlin, in das im Zuge der fischereilichen Bewirtschaftung keine Faunenfremdlinge eingesetzt wurden. Dieser Zustand ist als sehr erhaltenswert einzuschätzen.
Der Schwarzwassersee liegt in einer Senke in Blankenfelde. Seine Ufer sind mit Bäumen bestanden. Im Nord- und Südteil des Sees befinden sich flache röhrichtbestandene Buchten. Submerse Makrophyten wurden nicht festgestellt. Das Gewässer erscheint naturnah und wird nicht von Anglern genutzt.
Trotz des sehr naturnahen Erscheinungsbildes beherbergt der See nur eine einzige (umwelttolerante) Fischart, die Karausche. Jaucheeinleitungen verursachten 1987 ein Fischsterben und sind möglicherweise eine Ursache für die Artenarmut. Besonders der Südteil des Sees würde sich neben der Karausche auch für den Hecht u. a. Fischarten als Laichplatz eignen. Eine natürliche Besiedlung ist allerdings ausgeschlossen, da der Schwarzwassersee isoliert liegt, und in seiner Nähe weitere Gewässer mit sich selbst reproduzierenden Beständen dieser Arten fehlen.
Mit einer Größe von 0,9 ha gehört der Steinbergsee zu den kleinsten Seen Berlins. Von den Weihern und Söllen unterscheidet ihn sein Zufluß aus Lübars und Waidmannslust sowie der Abfluß zum Nordgraben. Die Ufer des Steinbergsees sind dicht mit Bäumen bestanden. Er wird von Anglern bewirtschaftet und auch besetzt. Vor allem infolge von Besatzmaßnahmen gelangten insgesamt 19 Fischarten, unter ihnen neun gefährdete, in den See. Trotz Besatz erscheint der Fischbestand gering. Es ist nicht auszuschließen, daß der See regelmäßig geringe Sauerstoffkonzentrationen aufweist bzw. ausstickt, und die Fische über den Nordgraben abwandern. Die häufigste der nachgewiesenen Fischarten war der Gründling.
Vor der Einstellung der Bewirtschaftung des Teufelssees (Müggelheim) wurde dieser vom Deutschen Anglerverband mit Fischen besetzt. Die gegenwärtig nachgewiesenen 11 Fischarten sind in erster Linie hierauf zurückzuführen. Ihr Bestand ist allerdings relativ gering, da es in der Vergangenheit wiederholt zu Fischsterben infolge Sauerstoffmangels kam. Die Ufer sind zu großen Teilen durch Erlenbruchwald gesäumt. Die damit verbundene Beschattung und der Laubeintrag führten zu einer Verschlammung des polytrophen Sees und sind auch für das weitgehende Fehlen von Wasserpflanzen verantwortlich. Verbunden mit einer Absenkung des Grundwasserspiegels durch die Trinkwassergewinnung des Wasserwerkes Friedrichshagen kam es zu den o. g. Sauerstoffdefiziten während der Sommerstagnation.
Der Teufelssee (Grunewald) liegt in einem Naturschutzgebiet; trotzdem ist er einer der am stärksten frequentierten Seen Berlins. Seine Ufer sind mit Bäumen bestanden und z.T. schilfbewachsen. Dadurch bilden sie relativ vielgestaltige Strukturen und wirken naturnah.
Insgesamt wurden 13 Fischarten im See nachgewiesen. Fünf von ihnen sind in Berlin "Rote-Liste-Arten", darunter eine (Bitterling) in der Kategorie "vom Aussterben bedroht". Die Bestandsentwicklung des Bitterlings muß allerdings als rückläufig eingeschätzt werden. Zu prüfen ist, ob noch genügend der für die Vermehrung dieser Fischart essentiellen Muschelarten im Gewässer vorkommen.
Die Ufer des Waldsees (Hermsdorf) sind dicht mit Bäumen bestanden. Es gibt flache verkrautete Bereiche, in denen Brut und Jungfische geeignete Lebensräume finden sowie Krautlaicher die erforderlichen Laichplätze. Das Gewässer erscheint sehr naturnah. Es wird von einem Angelverein bewirtschaftet. Insgesamt wurden 12 Fischarten nachgewiesen, unter ihnen fünf gefährdete.
Der Waldsee (Zehlendorf) ist nicht öffentlich zugänglich. Auch dieses Gewässer erscheint weitgehend naturnah. Seine Ufer sind dicht mit Bäumen bestanden, teilweise allerdings durch Steganlagen verbaut. Es gibt eine reiche Unterwasservegetation.
Es wurden 11 Fischarten nachgewiesen, unter ihnen drei gefährdete. Wie im Reinickendorfer Waldsee ist auch hier das Moderlieschen sehr häufig. Im Gegensatz zu den durch Angler beeinflußten Kleingewässern und Seen fehlen hier aus anglerischer Sicht geförderte Arten, wie Karpfen und Zander. Gleiches gilt für bevorzugt als Köderfisch benutzte Fischarten, wie Gründling und Kaulbarsch.
Der hypertrophe Weiße See (Weißensee) ist ein Parkgewässer, das fischereilich bewirtschaftet wird. Der See hat eine monotone, aus alten Faschinen bestehende, strukturarme Uferlinie. Da höhere Wasserpflanzen aufgrund der starken Eutrophierung fehlen, finden die hier lebenden Cypriniden-(Karpfen-)Arten kaum Laichsubstrate. Bis auf den Bereich der Badeanstalt am Ostufer ist der Seeboden stark verschlammt. Die Wasserfontäne in der Mitte des Sees führt während der Sommermonate zu einem hohen Sauerstoffeintrag und ist daher positiv zu bewerten.
Insgesamt konnten 18 Fischarten nachgewiesen werden, darunter sechs gefährdete. Die hohe Artenzahl ist vor allem auf die Bewirtschaftung zurückzuführen. So werden regelmäßig Karpfen, Schleien, Aale, Hechte und Zander sowie in unregelmäßigen Abständen Grasfische, Bleie, Giebel, Barsche, Plötzen, Karauschen und Regenbogenforellen eingesetzt.