Fließgewässer
Im Rahmen der Umsetzung der EU-WRRL gehen die im Rahmen der Gewässerstrukturkartierungen gewonnenen Erkenntnisse direkt in die Planung von Maßnahmen zur Verbesserung des ökologischen Zustandes der Berliner Fließgewässer, die so genannten Gewässerentwicklungskonzeptionen (GEK) ein. Hervorzuheben ist hier das Pilotprojekt Panke 2015 (SenGesUmV, 2009b; SenStadtUm, 2012), dessen Ziel es ist, Vorgehensweisen in der Maßnahmenplanung für den Prozess der Entwicklung einer naturnahen Uferstruktur mit entsprechender Besiedlung durch Wirbellose und Fische im hochurbanen Raum zu erproben.
Seeufer
Die Bewertung der Seeuferstruktur ist Grundlage für die Bewertung der Wirbellosen Fauna (Aeshna-Verfahren) und für Konzepte zur Sicherung bzw. Entwicklung des guten ökologischen Zustands der Ufer. Dabei werden sowohl Belange der WRRL als auch naturschutzfachliche Restriktionen, die sich aus der Fauna-Flora-Habitat (FFH) Richtlinie und der europäischen Vogelschutz Richtlinie ergeben, berücksichtigt.
Anhand von biotischen und abiotischen Defizitanalysen im Umfeld der Uferzone und der Flachwasserzone können detaillierte Strukturverbesserungsmaßnahmen abgeleitet werden.
In Uferkonzepten erfolgt eine bereichsweise Differenzierung der Seeufer nach Nutzungsformen, (Beispiel Großer Müggelsee) als Grundlage für eine nachhaltige Stadtplanung.