Fast alle Berliner Badestellen liegen an den rückgestauten Flussseen von Dahme, Spree und Havel oder an relativ flachen Landseen. Diese flachen Gewässer sind aus unterschiedlichen Gründen sehr nährstoffreich (z.B. Nährstoffeinträge aus der Landwirtschaft, Regenwassereinleitungen). Vor allem hohe Konzentrationen an Phosphor und Stickstoff fördern ein starkes Wachstum von Algen im Wasser. Während im Frühjahr zunächst die Kieselalgen das Wasser gelblich-braun färben, entwickeln sich ab Juli in den meisten Berliner Badegewässern massenhaft Blaualgen (Algenblüte).
Das Auftreten von Blaualgen kann ganz unterschiedlich sein. Einige Algenarten schweben fein verteilt als kaum sichtbare Einzelzellen im Wasser, das dadurch grün und sehr trüb erscheint. Andere Blaualgen bilden Flocken oder büschelartige Zusammenballungen, die je nach Witterung als Aufschäumungen auf der Wasseroberfläche zum Ufer treiben, hierbei bleibt das Wasser in der Regel klar.
Algenmassenentwicklungen haben vielfältige Auswirkungen auf das Gewässer und seine Nutzung. Im Ökosystem See führen sie zu Störungen der Nahrungskette, starken Sauerstoffschwankungen und gegebenenfalls räumlich begrenztem Fischsterben (z.B. in Kanälen).