Am 11.06.1958 wurde in Verbindung mit der Einweihungsfeier der Aula die Realschule “Marienburg-Schule” benannt. Die Namensgebung erfolgte nach der Hochburg des Deutschen Ritterordens Marienburg im ehemaligen Westpreußen (heute Malbork in Polen).
Bei der Schule handelt es sich um eine dreigeschossige, zweiflügelige Anlage, an deren Rückseite sich der Schulhof mit Spiel- und Sportmöglichkeiten befindet. Das Schulgebäude wird überragt von einem hohen Uhrenturm mit einer Aussichtsplattform. Das Schulgebäude steht unter Denkmalschutz.
Aufgrund der Berliner Schulreform zum Schuljahresbeginn 2010/2011 wurden die Otto-von-Guericke-Oberschule und die Marienburg-Oberschule unter dem Namen “Sekundarschule Wilmersdorf” zur Integrierten Sekundarschule zusammengelegt.
Seit Februar 2015 ist die Sekundarschule Wilmersdorf eine eigenständige Sekundarschule, mit naturwissenschaftlicher und sportlicher Ausrichtung.