Nachdem die Meldung, dass die Tiere im Bauwerk eingedrungen waren und nicht mehr zurückfanden einging, folgte eine koordinierte Rettungsaktion. Gemeinsam mit den rund 20 Einsatzkräften der Berliner Wasserbetriebe, der Veterinäraufsicht, dem Umwelt- und Naturschutzamt und dem Rangerteam Marienfelde der Naturwacht wurde die Situation erfolgreich unter Kontrolle gebracht.
Allerdings machten Wetterbedingungen – Schnee, Eis und Tauwasser – die Rettungsaktion besonders schwierig und langwierig. Auf Anweisung der amtlichen Tierärzte wurden die folgenden Maßnahmen durchgeführt.
In einem ersten Schritt wurden Pontons in jeder der drei Kammern eingelassen, um den Tieren während der Rettung eine sichere Rückzugsmöglichkeit aus dem Wasser zu bieten. Diese wurden durch die Kormorane sofort angenommen, so dass sie ihre Flügel zum Trocknen ausbreiten konnten. Anschließend pumpten die Berliner Wasserbetriebe mit mehreren Spezialfahrzeugen Wasser aus dem Bauwerk ab, um den Zugang zu den Tieren zu erleichtern.
Ein dreiköpfiges Team der Naturwacht, ausgestattet mit Gummianzügen und Atemmasken, begab sich in das mit Schlamm am Boden durchzogene Bauwerk, um die Tiere zu bergen. Insgesamt 79 Kormorane konnten lebend gerettet werden. Diese Tiere, vor allem Jungtiere, zeigten sich vital und gesund und wurden sicher in den Teltowkanal entlassen.
Gleichzeitig wurde durch die Wasserbetriebe ein engmaschiges großes Sicherungsgitter installiert, das ein künftiges Einschwimmen und Eintauchen in die Anlage durch Kormorane verhindert und eine vergleichbare Tiernotlage vermeidet.
Leider konnten 15 Kormorane nur noch tot geborgen werden. Diese wurden wie die anderen 40 im Hafenbecken in der Eisdecke tot aufgefundenen Vögel zur Untersuchung in das Landeslabor Berlin-Brandenburg (LLBB) gebracht, um mögliche Ursachen wie Krankheiten insbesondere eine Vogelgrippe-Infektion auszuschließen. Erste Befunde ergaben jedoch keine Hinweise auf akute Gesundheitsprobleme.