Die medizinische Versorgung im JVK erfolgt in den Fachabteilungen für Innere Medizin und für Psychiatrie und Psychotherapie. Daneben bestehen Funktionsbereiche für Radiologie und Physiotherapie.
Die Aufgaben des Pflegedienstes umfassen die medizinisch/ pflegerische Versorgung der Patientinnen und Patienten, in den Arztgeschäftsstellen der einzelnen Berliner Justizvollzugsanstalten und im JVK unter den Rahmenbedingungen des Justizvollzuges.
Neben den Bereichen für die stationäre und ambulante fachärztliche Versorgung und dem Konsiliararztsystem betreibt das JVK nachgeordnete Ambulanzen. Diese werden als Arztgeschäftsstellen im Berliner Justizvollzug bezeichnet, befinden sich in den einzelnen Justizvollzugsanstalten und dienen der allgemeinärztlichen Basisversorgung.
