Rund drei Viertel des Berliner Waldes sind einfach oder mehrfach naturschutzrechtlich geschützt. Die naturschutzfachlichen Zielsetzungen der Berliner Forsten sind in der Waldbaurichtlinie verankert, die den forstlichen Handlungsrahmen vorgibt.
Demnach findet Natur- und Artenschutz grundsätzlich auf der gesamten Waldfläche statt. So werden beispielsweise seltene Waldbestände und historische Waldaufbauformen (zum Beispiel Hutewälder und Niederwälder) in ihrem Bestand erhalten und gepflegt, weil sie wertvolle Dokumente der Waldgeschichte darstellen und die Waldentwicklung veranschaulichen.
Für bereits bestehende FFH-Gebiete (nach der Fauna-Flora-Habitat-Richtlinie) und Naturschutzgebiete orientiert sich die Bestands- und Biotoppflege an den jeweiligen Pflege- und Entwicklungsplänen. Hierzu finden Absprachen mit der obersten Naturschutzbehörde statt.