Ziel des Infektionsschutzes ist die Verhütung und Bekämpfung von Infektionskrankheiten. Arbeitsschwerpunkte der für Gesundheit zuständigen Senatsverwaltung in diesem Bereich sind die Überwachung der nach dem Infektionsschutzgesetz meldepflichtigen Erkrankungen (Infektionsepidemiologie), die Koordinierung bei bezirksübergreifenden Krankheitsausbrüchen sowie die Rahmenplanungen zur Bewältigung außergewöhnlicher Gefahrenlagen wie z. B. eine Influenza-Pandemie oder ein bioterroristisches Ereignis.
Die Senatsverwaltung veröffentlicht außerdem die “Öffentliche(n) Empfehlungen des Landes Berlin für Schutzimpfungen und andere Maßnahmen der spezifischen Prophylaxe”. Diese Empfehlungen greifen die Impfempfehlungen der Ständigen Impfkommission am Robert-Koch-Institut (STIKO) auf und dienen der Absicherung geimpfter Personen im Falle von unerwünschten Impfreaktionen. Die Senatsverwaltung erteilt darüber hinaus die Zulassungen für Gelbfieberimpfstellen und bearbeitet die ministeriellen Angelegenheiten der Schädlingsbekämpfung.