Die außeruniversitären Forschungseinrichtungen werden in der Regel auf der Grundlage des Art. 91 b Grundgesetz gemeinsam von Bund und Ländern finanziert. Dabei gibt es unterschiedliche Finanzierungsverhältnisse für die verschiedenen Forschungsorganisationen:
Für die Institute der Leibniz-Gemeinschaft beträgt der Finanzierungsschlüssel in der Regel 50% Bundesmittel und 50% Landesmittel. Bei Infrastruktureinrichtungen und durch den Pakt für Forschung und Innovation ergeben sich Abweichungen von diesem Finanzierungsverhältnis. Die Landesmittel setzen sich zusammen aus Mitteln des jeweiligen Sitzlandes des Instituts und einem Anteil, der durch die übrigen Bundesländer aufgebracht wird. Die Aufteilung des auf die Länder entfallenden Finanzierungsanteils wird von der Gemeinsamen Wissenschaftskonferenz aufgrund der Bevölkerungszahlen und des Steueraufkommens im Königsteiner Schlüssel festgelegt.
Die Max-Planck-Gesellschaft wird von Bund und Ländern im Verhältnis 50:50 finanziert. Der Länderanteil wird in Höhe von 50% vom jeweiligen Sitzland der Einrichtung und in Höhe von 50% von allen Ländern gemeinsam nach dem Königssteiner Schlüssel aufgebracht. Der auf die Generalverwaltung und die Einrichtungen im Ausland entfallende Finanzierungsanteil der Länder wird von allen Ländern gemeinsam aufgebracht.
Die Einrichtungen der Helmholtz-Gemeinschaft betreiben naturwissenschaftlich-technische sowie biologisch-medizinische Forschung, die eine interdisziplinäre Zusammenarbeit und einen konzentrierten Einsatz an personellen, finanziellen und apparativen Mitteln erfordern. Sie untersuchen Systeme hoher Komplexität unter Einsatz von Großgeräten und wissenschaftlichen Infrastrukturen gemeinsam mit nationalen und internationalen Partnern. In der Regel werden die Helmholtz-Einrichtungen vom Bund und den jeweiligen Sitzländern im Verhältnis 90:10 finanziert.
Die Fraunhofer-Gesellschaft zur Förderung der angewandten Forschung e.V. (FhG) wird von Bund und Ländern im Verhältnis 90:10 gefördert. Die finanzielle Förderung wird gewährt auf der Grundlage eines jährlichen, vom “Ausschuss Fraunhofer-Gesellschaft” (Ausschuss) gebilligten Wirtschaftsplanes der FhG, der alle ihre Einnahmen und Ausgaben ausweist. Der auf die Länder entfallende Teil des Zuwendungsbetrages wird auf die Länder in Höhe von einem Drittel nach dem Verhältnis ihrer Steuereinnahmen und ihrer Bevölkerungszahl umgelegt, wobei das Verhältnis der Steuereinnahmen für zwei Drittel und das der Bevölkerungszahl für ein Drittel dieses Betrages maßgeblich ist (Sockelbetrag). Weitere zwei Drittel werden entsprechend dem Verhältnis des Zuwendungsbedarfs aller Einrichtungen der FhG, die in einem Land ihren
Sitz haben, umgelegt. Ausgaben für die Zentralverwaltung werden für diesen Teil nicht in Ansatz gebracht.
Neben der Gemeinschaftsförderung auf der Grundlage des Art. 91 b des Grundgesetzes werden von der Senatskanzlei – Wissenschaft und Forschung weitere Forschungseinrichtungen finanziell gefördert.