Das Museum Pankow versteht sich als Einrichtung der Forschung, Sammlung, Vermittlung und Bewahrung. In Dauer- und Sonderausstellungen, häufig entwickelt in Kooperation mit Dritten, werden Geschichte und Gegenwart des Nordostens von Berlin dargestellt und die Auseinandersetzung damit angeregt.
In Begleitveranstaltungen und Vermittlungsangeboten wie interaktiven Rundgängen, Diskussionen, Lesungen, Konzerten, Filmen oder Projekten der ästhetischen Bildung lädt das Museum zu einem lebendigen Austausch über die angebotenen Inhalte und zur Entwicklung neuer Themen ein. Auf Anfrage werden auch Sonderführungen oder spezielle Projekte für Schulklassen und andere interessierte Gruppen entwickelt.
Zu den Aufgaben des Museums gehört auch die Begleitung und Unterstützung der bezirklichen Geschichtsarbeit. Dabei geht es vor allem darum, in Kooperation mit Vereinen und Bürger*innen, Geschichte im öffentlichen Raum des Bezirks Pankow sichtbar zu machen und zu kommentieren. Dies ist zum Beispiel möglich über Gedenktafeln, die (Um)Benennung von Straßen und Plätzen, Informationsstelen, Audiowalks oder digitale Angebote.
Neben dem Hauptstandort und dem Archiv in der Prenzlauer Allee 227/228 verfügt das Museum über Ausstellungsräume in der Heynstraße 8 und der Dunckerstraße 77. Hinzu kommen Ausstellungen im Stadtraum.