Das Museum Pankow versteht sich als Einrichtung der Forschung, Sammlung, Vermittlung und Bewahrung. In Dauer- und Sonderausstellungen, häufig entwickelt in Kooperation mit Dritten, werden Geschichte und Gegenwart des Nordostens von Berlin dargestellt und die Auseinandersetzung damit angeregt.
Neben dem Hauptstandort und dem Archiv in der Prenzlauer Allee 227/228 verfügt das Museum über Ausstellungsräume in der Heynstraße 8, in der Dunckerstraße 77 und in Blankenfelde. Hinzu kommen Ausstellungen im Stadtraum.