Müggelheim liegt auf dem Köpenicker Werder, zwischen Großem Müggelsee, Dämeritzsee, Seddinsee, Großer Krampe und Dahme. Die Anfänge des Ortsteils sind im 18. Jahrhundert zu finden. Aus einer im Jahr 1747 gegründeten bäuerlichen Niederlassung wurde bald ein langgestrecktes Angerdorf. Im späten 19. Jahrhundert kamen mit dem Ausflugs- und Erholungsverkehr auch Villen, Gastronomie und Geschäfte in den Ort.

Die Bauten rund um den alten Dorfanger stehen heute unter Denkmalschutz. Bezeichnend für Müggelheim sind neben den alten Bauernhäusern auch Einfamilienhäuser aus neuerer Zeit. Ein Teil der Straßen in den Siedlungen ist noch unbefestigt. Südlich des Müggelheimer Damms wohnt man im Wohnpark Ludwigshöhe, im Nordosten in der Siedlung Schönhorst.

In Müggelheim geht es ruhig zu. Der Ortsteil liegt umgeben von Wasser und Wald im Köpenicker Forst, einen Bahnanschluss gibt es nicht. Der nächstgelegene S-Bahnhof ist Wilhelmshagen in Berlin-Rahnsdorf. Von dort geht es weiter mit dem Bus oder mit der Fähre. Die Fähre F24 von Rahnsdorf nach Müggelheim ist eine Besonderheit: Die Überfahrt erfolgt per Ruderboot. Es trägt den schönen Namen "Paule III".