Die wechselnden Ausstellungen befassen sich mit verschiedenen Themen aus den Bereichen Kunst, Politik, Alltag, Wissenschaft und Kultur. Durch den Ansatz, Kinder bei den Ausstellungen Mitmachmöglichkeiten zu präsentieren, lernen die kleinen Besucher Inhalte auf eine spielerische Weise. Da keine vorgefertigten Antworten geliefert werden, müssen sich die Kleine zu eigenen Lösungen durcharbeiten und lernen so, über den eigenen Horizont hinaus zu denken. Namensgeberin für das Kindermuseum im FEZ-Berlin ist «Alice im Wunderland».
Weiterhin finden regelmäßig Workshops und Projekte für Kinder statt.