Die ursprüngliche Fischfauna der Berliner Gewässer umfasst 36 Rundmäuler und Fischarten.
Aktuell kommen 40 Fischarten in den Berliner Gewässern vor. Davon sind 14 Fischarten nicht heimisch (Neobiota). Am häufigsten sind die Fischarten Plötze, Barsch, Rotfeder, Hecht, Schleie, Blei und Aal.
Von der ursprünglichen Fischfauna gelten Bachneunauge, Barbe, Europäischer Stör, Flussneunauge, Atlantischer Lachs, Meerneunauge und Zährte als ausgestorbene oder verschollene Arten. Zur Aufrechterhaltung des Lebenszyklus der Arten ist eine Durchwanderbarkeit der Fließgewässer notwendig. Die dafür notwendige Durchgängigkeit ist in vielen Bereichen von Havel und Spree derzeit nicht gegeben.