Helene Nathan wurde am 23. August 1885 in Oels, Niederschlesien geboren.
Am 1. Juli 1921 beginnt sie ihren Dienst als Leiterin der Bücherei in Berlin Neukölln. Sie ist damit eine der ersten Frauen, die die Leitungsposition in einer größeren Bibliothek einnimmt. Als Mitglied der SPD versteht Helene Nathan die Bibliotheksarbeit im Arbeiterbezirk Neukölln auch als bildungspolitisches Instrument. Sie engagiert sich besonders für Jugendbibliotheksarbeit. Während ihrer Dienstzeit wird die erste Zweigstelle in Britz eingerichtet und die Neuköllner Bücherei zur Ausbildungsbibliothek ernannt.
Im März 1933, nach dem Einzug der Nationalsozialisten in das Rathaus Neukölln, wird Helene Nathan aufgrund ihres bildungspolitischen Engagements und ihrer jüdischen Herkunft mit sofortiger Wirkung beurlaubt und am 20. August 1933 endgültig entlassen.
Von 1935 bis 1937 findet sie Arbeit in der jüdischen Buchhandlung Kedem bis zu deren Schließung. Ein Angebot, nach Großbritannien auszuwandern, scheitert am Ausbruch des 2. Weltkrieges.
Am 23.10.1940 – fast zeitgleich mit dem Beginn der Deportation von Juden – nimmt sie sich angesichts ihrer ausweglosen Lage das Leben.