Standort Prenzlauer Allee 227/228

Der Hauptstandort des Museums befindet sich in den Räumen des Kultur- und Bildungszentrums Sebastian Haffner und liegt inmitten des Ortsteils Prenzlauer Berg, wenige hundert Meter vom Kollwitzplatz entfernt.
In dem 1886 fertiggestellten ehemaligen Schulgebäude an der Mülhauser Straße befinden sich im ersten Stock die Räume mit den Dauerausstellungen und in der darüber liegenden Etage das Archiv mit seinen Depots und dem Lesesaal. Auf dem Hof, mit der Rückseite zur Kolmarer Straße steht die Veranstaltungs- und Ausstellungshalle und im Vorderhaus an der Prenzlauer Allee liegen die Verwaltungsräume des Museums.