Spree und Havel sowie die Kanäle Teltowkanal, Landwehrkanal, Neuköllner Schifffahrtskanal, Spreekanal, Berlin-Spandauer-Schifffahrtskanal, Charlottenburger Verbindungskanal und Westhafenkanal sind Wasserstraßen. Sie werden für den Gütertransport, als auch die Fahrgast- und Freizeitschifffahrt genutzt. Mit Ausnahme des Neuköllner Schifffahrtskanals, der sich im Eigentum des Landes befindet, handelt es sich um Bundeswasserstraßen.
Durch die verschiedenen Nutzungen – neben der Schifffahrt vor allem das urbane Umfeld, aber auch Freizeit- und Erholungsnutzung – sind die Gewässer stark durch den Menschen geprägt. Querbauwerke verhindern die Durchwanderbarkeit für Fische und wirbellose Tiere. Typgemäße Gewässerstrukturen fehlen. Nur einige Abschnitte der Havel und der Müggelspree bieten mit Flachwasserbereichen, Uferröhrichten und durchströmten Kiessubstraten auch heute naturnähere Ausprägungen von Uferstrukturen. Dies zeigt sich im Monitoring durch eine höhere Artenvielfalt. Für die stark veränderten Gewässer Spree und Havel sowie die Schifffahrtskanäle als künstliche Gewässer ist das gute ökologische Potenzial zu erreichen. Neben der Wiederherstellung der Durchgängigkeit an den drei Staustufen Mühlendamm, Charlottenburg und Spandau sind hierzu vor allem strukturverbessernde Maßnahmen erforderlich.