Auf dem früheren Prinz-Albrecht-Gelände an der Wilhelmstraße, wo die zentralen Institutionen des NS-Terrorapparates (Gestapo und Sicherheitsdienst der SS bzw. Reichssicherheitshauptamt) ihren Sitz hatten, befindet sich das Gelände der Ausstellung Topographie des Terrors . Anhand von Dokumenten und Bildern wird über die Verfolgungs- und Unterdrückungsmaschinerie im „Dritten Reich“ informiert. Bauliche Überreste zeugen von der Geschichte des Ortes. Ein neu entstehender Gebäudekomplex, das internationale Dokumentations- und Begegnungszentrum, wird neben einer Dauerausstellung auch Platz für Ausstellungen zu wechselnden Themen bieten.
Die Gedenk- und Bildungsstätte Haus der Wannsee-Konferenz ist in jener Villa am Großen Wannsee untergebracht, in der am 20. Januar 1942 führende Vertreter der Ministerialbürokratie über die organisatorische Durchführung des Beschlusses berieten, alle europäischen Juden im gesamten Einflussbereich Deutschlands zu ermorden. Zum 50. Jahrestag der Wannsee-Konferenz wurde die Einrichtung 1992 eröffnet. Sie bietet die Dauerausstellung “Die Wannsee-Konferenz und der Völkermord an den europäischen Juden” sowie eine umfangreiche, öffentlich zugängliche Spezialmediathek. Die Ausstellung, die im Jahr 2006 neu eröffnet wurde, thematisiert nicht nur die Wannsee-Konferenz, sondern auch allgemein die antijüdische Politik in Deutschland seit dem ausgehenden 19. Jahrhundert, sowie den besonderen Charakter des Krieges im Osten.
Am Standort des ehemaligen Oberkommandos des Heeres, in der heutigen Stauffenbergstraße, wo sich die Zentrale des Umsturzversuchs vom 20. Juli 1944 befand, ist die Gedenkstätte Deutscher Widerstand untergebracht. Im Ehrenhof, wo Claus Graf Schenk von Stauffenberg und drei Mitverschwörer standrechtlich erschossen wurden, wird seit 1953 an das gescheiterte Attentat auf Hitler erinnert. Seit 1989 zeigt eine Dauerausstellung im zweiten Stock den Widerstand gegen das NS-Regime in seiner ganzen politischen und sozialen Breite. In Sonderausstellungen werden einzelne Fragestellungen vertiefend behandelt.
Weitere Orte des Gedenkens sind unter anderem die frühere Hinrichtungsstätte Plötzensee, die Deportationsdenkmale auf der Putlitzbrücke und am S-Bahnhof Grunewald, die Skulpturengruppe Der Block der Frauen in der Rosenstraße, die an die Bücherverbrennung erinnernde unterirdische Leere Bibliothek auf dem Bebelplatz und die Spiegelwand für die jüdischen Bürger von Steglitz auf dem Hermann-Ehlers-Platz. Vor den Toren Berlins, in Oranienburg, befindet sich das ehemalige Konzentrationslager Sachsenhausen, wo über die Geschichte dieses Ortes informiert wird.
Der Berliner Senat unterstützt außerdem die Initiativen zur Errichtung von Denkmalen für die ermordeten Sinti und Roma sowie für die im „Dritten Reich“ verfolgten Homosexuellen.