Das Heilige Römische Reich Deutscher Nation (ca. 10. Jahrhundert bis 1806) war geprägt durch die Einheit von (römisch-katholischer) Kirche und Reich. Nach der Reformation Luthers und den Religionskriegen wurde im Augsburger Religionsfrieden von 1555 das Prinzip „cuius regio, eius religio“ („wessen Land, dessen Glaube“) die religiöse Einheit innerhalb der einzelnen Territorien bewahrt: die Konfessionszugehörigkeit der Untertanen richtete sich nach der des Landesfürsten. Der Westfälische Friede von 1648 weitete dieses Prinzip von Katholiken und Lutheranern auf die bisher nicht anerkannten Reformierten, also auf Calvinisten und Zwinglianer, aus.
In den protestantischen Fürstentümern übernahmen die Landesfürsten die ursprünglich als „Notbischof“ vorgesehene Funktion und vereinten somit weltliche und geistliche Macht. Hierauf gehen auch die heutigen Landeskirchen zurück, deren Gebiete deshalb häufig noch an politisch längst überholte Territorialgrenzen anknüpfen. Während die katholisch-geistlichen Fürstentümer unverändert fortbestanden und der Einfluss Roms dort weitestgehend erhalten blieb, bildete sich in den evangelischen Kirchenlanden ein enges Verhältnis zwischen Kirche und Staat heraus. So war etwa - bis zu seiner Abdankung 1917 - der preußische König zugleich das höchste evangelische Kirchenoberhaupt seines Landes als "summus episcopus".
Der Reichsdeputationshauptschluss von 1803 bedeutet vor allem für die (katholischen) geistlichen Fürstentümer eine Wende. Als Ersatz für linksrheinische Gebietsverluste an Frankreich wurden die weltlichen Fürstentümer mit dem Grundvermögen der geistlichen Fürstentümer abgefunden. Sie erhielt aber nicht nur die Vermögen, sondern auch die politischen Herrschaftsrechte der geistlichen Reichsfürsten. In der Folge des Reichsdeputationshauptschlusses von 1803 wurden so ca. 95.000 km² Grundfläche enteignet und die Kirchen erhielten hierfür Entschädigungsleistungen, die bis heute nicht abgegolten sind.
Mit den so säkularisierten Gütern übernahmen die Staaten aber im Wege der Gesamtrechtsnachfolge auch die darauf lastenden Unterhaltsverpflichtungen für Kirchenbedienstete und Baupflichten. Damit war die Grundlage für die Staatsleistungen an die Kirchen gelegt: Die Enteignungen nahmen den Kirchen die Möglichkeit, sich selbst zu versorgen und machten sie abhängig von staatlichen Unterstützungsleistungen.
Eine neue Grundlage für das Zusammenleben von Staat und Kirche entstand mit der Verfassung der Weimarer Republik von 1919. Sie sah die Trennung beider Institutionen vor. Die Einrichtungen und Beamten, die zuvor Teil des Staates waren, wurden aus der Regierung ausgegliedert. Das Verhältnis zwischen beiden wurde bis ins Detail durch Staatsverträge geregelt. Im Laufe der Jahrzehnte haben sich Staatsverträge als geeignetes Instrument der Zusammenarbeit entwickelt.
Die Rechtsgrundlage hierfür bietet heute Art. 123 Abs. 2 GG. Dort wird auf das Reichskonkordat, also den Vertrag zwischen dem Deutschen Reich und dem Vatikan von 1933 verwiesen und die Möglichkeit des Abschlusses neuer Verträge ausdrücklich genannt. Der Staat anerkennt in der Verfassung die eigenständige Existenz der Kirchen und Religionsgemeinschaften aus eigenem Recht, er anerkennt das hohe Gut der Religions- und Kirchenfreiheit. Mittlerweile haben alle Bundesländer entsprechende Staatsverträge mit den jeweiligen Landeskirchen geschlossen.
Im Westteil des geteilten Berlin war es aufgrund des Viermächte-Status nicht möglich, solche Verträge mit den beiden Kirchen abzuschließen, denn deren Bistümer reichten weit über die Stadtteile hinaus. Trotz der schwierigen Bedingungen versuchten beide Kirchen an der territorialen Einheit festzuhalten. Das Land Berlin schloss daher 1970 mit der Evangelischen und Katholischen Kirche die sogenannten Abschließenden Protokolle ab, die beide Seiten als eine Art Staatsvertrag betrachteten.
Im Ostteil galten für die beiden Kirchen nach dem Krieg zunächst besonders schwierige Bedingungen, da der beabsichtigte Aufbau eines sozialistischen Staates nach der Theorie grundsätzlich vom Verschwinden von Religion auf dem Weg zum Kommunismus ausging. Die DDR knüpfte dennoch zunächst an die Regelungen der Weimarer Reichsverfassung an. So übernahm die erste Verfassung von 1949 die auf „Gesetz, Vertrag oder besonderen Rechtstiteln beruhenden öffentlichen Leistungen (Staatsleistungen)“ in Art. 45 Abs. 1. Die zweite Verfassung von 1968 sparte das Thema der Staatsleistungen aus. Damit leitete sie jedoch keine Wende in der Sache ein. Die beiden Kirchen erhielten weiterhin jährliche finanzielle Mittel, wobei diese in der Höhe schwankten. Der Staat war jedoch nicht bereit, den Kirchensteuerämtern Einsicht in die Lohnsteuerkarten der Arbeitnehmer und in die Besteuerunterlagen der Selbständigen zu gewähren. Ab 1956 waren die Kirchen daher allein auf die Zahlungsmoral ihrer Gläubigen angewiesen. Auch die Institution der Körperschaftsrechte entfiel in der Verfassung von 1968.
In den 1970er Jahren kam es in der DDR zu einer Annäherung von Staat und Kirchen -insbesondere der Evangelischen Kirche. Die Berlin Brandenburgische Evangelische Landeskirche hatte nach heftigen Debatten seit 1972 einen eigenen Bischof für die Ostregion gewählt, da der im Westteil sitzende Bischof seit dem Mauerbau keine Einreiseerlaubnis mehr erhielt. Höhepunkt der in die europäische und deutsch-deutsche Entspannungspolitik eingebetteten Annährung zwischen Staat und Kirche war das Treffen zwischen SED-Chef Erich Honecker und der Kirchenleitung der Evangelischen Kirche am 6. März 1978. Dies führte zu Verbesserungen und Freiräumen in der kirchlichen Arbeit. In den 80er Jahren gaben die Kirchen einer wachsende Zahl von Friedens-, Umwelt- und Menschenrechtsgruppen ein Forum, die sich öffentlich für eine Reform des Regimes einsetzten und in der Folge zu den maßgeblichen Kräften der friedlichen Revolution von 1989 zählten.
Mit der Einheit bot sich ab 1990 im Verhältnis zwischen Kirchen und Staat die Möglichkeit, an die Verfahren der alten Bundesländer anzuknüpfen. Der erste umfassende Vertrag, den das Land Berlin schloss, war im Jahre 1993 der Staatsvertrag mit der Jüdischen Gemeinde zu Berlin. Bis dahin gab es lediglich Verwaltungsvereinbarungen zwischen dem Land Berlin und der Gemeinde. Durch eine solche Vereinbarung wird - rechtlich gesehen - lediglich die Verwaltung gebunden, während ein Staatsvertrag durch die Zustimmung des Parlaments Gesetzeskraft entfaltet.
Am 20. Februar 2006 unterzeichnete der Regierende Bürgermeister den Evangelischen Kirchenvertrag. Durch den Austausch der Ratifizierungsurkunden trat dieser Staatsvertrag am 19. April 2007 in Kraft.
Der Kirchenvertrag entspricht in zahlreichen Punkten dem Abschließenden Protokoll von 1970, das mehrfach ergänzt und aktualisiert wurde. Darüber hinaus regelt er unter anderem: Die Ausstattung der Evangelischen Theologie an der Humboldt Universität, den Religionsunterricht, die Ausbildung der Religionspädagogen, die Zusammenarbeit bei der Einziehung der Kirchensteuer, die Übermittlung melderechtlicher Daten und die Zusammenarbeit im Bereich des Friedhofswesens. Darüber hinaus formuliert er Grundlagen für die Berechnung der Staatsleistungen.
Staatsleistungen unterscheiden sich grundsätzlich von staatlichen Zuwendungen, die einzelne Religions- und Weltanschauungsgemeinschaften für ihre Krankenhäuser, Kindertagesstätten, Beratungsstellen, Wohlfahrtsorganisationen oder Bildungseinrichtungen aus den Etats der dafür zuständigen Verwaltungen erhalten, weil deren Betrieb - wie bei anderen Trägern auch - im allgemeinen Interesse der Gesellschaft ist.
Die Staatsleistungen an die Katholische und Evangelische Kirche umfassen Ausgaben für die innerkirchliche Verwaltung ( des sog. „Kirchenregiments“) und Zuschüsse zur Pfarrbesoldung. Beide Arten von Staatsleistungen begründen sich historisch aus der Säkularisierung kirchlicher Güter und der Abschaffung der Staatskirche. Sie wurden in der Weimarer Reichsverfassung (WRV) von 1919 als Pflicht festgeschrieben. Das Grundgesetz hat diese Kirchen und Religionsgemeinschaften betreffenden Artikel 136 bis 141 der WRV übernommen.
Die Staatsleistungen werden heute von den Bundesländern jährlich an die beiden großen Kirchen überwiesen. In manchen Ländern wie etwa in Brandenburg zählen dazu auch Baulastverpflichtungen für Kirchengebäude. Als sogenannte „negative Staatsleistungen“ werden die gesetzlichen Steuer- und Gebührenbefreiungen bezeichnet.
In Berlin belaufen sich die Staatsleistungen für die Evangelische Kirche Berlin Brandenburg-Schlesische Oberlausitz auf ca. 7,7 Millionen Euro, für die für Katholische Kirche, Erzbistum Berlin, auf ca. 2,9 Millionen Euro.
