Nach der militärischen Befreiung vom Nationalsozialismus verwaltete eine aus den vier Stadtkommandanten gebildete Alliierte Kommandantur das in vier Sektoren unterteilte Gebiet von Groß-Berlin. Während schon bald die politischen Differenzen zwischen den Siegermächten deutlich wurden, setzten die sowjetischen Militärbehörden noch im Jahr 1945 einen neuen Magistrat ein. Am 20. Oktober 1946, dem Tag des Inkrafttretens der von den Alliierten erlassenen Vorläufigen Verfassung von Groß-Berlin, fanden die ersten freien Wahlen in Berlin seit der nationalsozialistischen "Machtergreifung" statt. Als Ernst Reuter wegen sowjetischen Einspruchs das Amt des Oberbürgermeisters nicht antreten konnte und SED-Sympathisanten mehrfach Sitzungen der Stadtverordnetenversammlung störten, wichen die nicht-kommunistischen Abgeordneten in den Westteil aus. Daraufhin erklärte eine im Ostsektor gebildete "außerordentliche Stadtverordnetenversammlung" am 30. November 1948 den bisherigen Magistrat für abgesetzt. West-Berlin baute eine eigene Verwaltung auf, während sich durch die Blockade, mit der die Sowjets auf die Währungsreform reagierten, die politische Lage weiter zuspitzte. Nach den Wahlen im Westteil Ende 1948 übernahm im Januar 1949 Ernst Reuter das Amt des Oberbürgermeisters, das seit Inkrafttreten der (West-)Berliner Verfassung von 1950 Regierender Bürgermeister heißt. Die administrative Spaltung war vollzogen. Das Rathaus Schöneberg wurde Sitz von Senat und Abgeordnetenhaus West-Berlins. Im Roten Rathaus tagten Stadtverordnetenversammlung und Magistrat von Ost-Berlin. Vom 13. August 1961 bis 9. November 1989 teilte die Mauer Berlin, Deutschland und Europa. Obwohl der Vier-Mächte-Status der Stadt bis 1990 bestand, wurden die beiden Teile Berlins in den jeweiligen deutschen Staat integriert. Grundgesetz und Gesetze der Bundesrepublik waren für West-Berlin bindend. Ost-Berlin wurde von der SED-Führung zur Hauptstadt ausgebaut. Unter den politischen Verhältnissen der DDR blieben die Gestaltungsmöglichkeiten der Ost-Berliner Stadtverwaltung eingeschränkt: So unterstand der Magistrat dem DDR-Ministerrat und war mehr diesem gegenüber verantwortlich als der Stadtverordnetenversammlung, die ihn wählte.
Nach der Wende in der DDR fanden im Mai 1990 die ersten freien Kommunalwahlen statt, und am 30. Mai nahm in Ost-Berlin der neue Magistrat seine Arbeit auf. In der Folgezeit wurde die Verwaltung in den beiden Stadthälften vereinheitlicht. Nach der Herstellung der deutschen Einheit am 3. Oktober 1990 amtierten für eine Übergangsphase bis zu den ersten Gesamtberliner Wahlen am 2. Dezember 1990 die Parlamente und Regierungen von West- und Ost-Berlin weiter. Der neue Gesamtberliner Senat nahm am 11. Januar 1991 seine Arbeit auf. Das Gesamtberliner Parlament, das Abgeordnetenhaus, bezog sein Quartier im Gebäude des früheren Preußischen Landestages. Eine Legislaturperiode in Berlin dauert fünf Jahre, bei den Wahlen zum Abgeordnetenhaus gilt eine Fünf-Prozent-Klausel. Das Berliner Rathaus ist Sitz des Regierenden Bürgermeisters und der Senatskanzlei. Hier tagt der Senat, die Regierung des aus zwölf Bezirken bestehenden Landes Berlin. Die Berliner Verfassung ist 1995 in einer Volksabstimmung angenommen worden. In großen Teilen schreibt sie die Verfassung von 1950 fort. Wesentliche Neuerungen sind die Vertiefung einklagbarer Grundrechte und die Erweiterung der Staatsziele (Recht auf Arbeit, Bildung und angemessenen Wohnraum, Umwelt- und Datenschutz). Gestärkt wurden auch die Beteiligungsrechte der Bürger durch Elemente der direkten Demokratie.